1964年，美国纽约布朗克斯区，圣尼古拉斯天主学校。修女阿洛伊修斯•贝维尔令行禁止，教条严明，为学生们所畏惧；而新来的布伦丹•弗林的神父则态度和蔼，处事开明，受到学生们的喜爱。这期间，弗林尤其关心学校内有史以来第一位的黑人学生唐纳德•米勒。某天，詹姆斯修女将唐纳德的奇怪表现报告给贝维尔修女。贝维尔认定弗林正与男孩发展不正当的关系，她决心不惜一切代价制止。然而事实究竟怎样？